我们尚不清楚大多数卵巢癌的确切病因。正如卵巢癌危险因素中所讨论的，我们确实知道一些导致女性更容易患上皮性卵巢癌的因素。对于卵巢生殖细胞和间质瘤的危险因素知之甚少。
关于卵巢癌病因的最新、最重要的发现是，它始于输卵管尾端的细胞，而不一定始于卵巢本身。这一新信息可能会开启更多旨在预防和筛查此类癌症的研究。
关于卵巢癌的病因有很多理论。其中一些来自于对改变卵巢癌风险的因素的研究。例如，怀孕和服用避孕药都可以降低患卵巢癌的风险。由于这两种因素都会减少卵巢释放卵子（排卵）的次数，因此一些研究人员认为排卵与患卵巢癌的风险之间可能存在某种关系。
此外，我们知道输卵管结扎和子宫切除术可以降低患卵巢癌的风险。解释这一点的一种理论是，一些致癌物质可能通过阴道进入体内，并通过子宫和输卵管到达卵巢。这可以解释切除子宫或阻塞输卵管如何影响卵巢癌风险。
另一种理论是雄性激素（雄激素）可导致卵巢癌。
与卵巢癌相关的基因变化
研究人员在了解DNA中的某些突变（变化）如何导致正常细胞癌变方面取得了巨大进展。DNA是一种化学物质，它携带着我们细胞几乎所有行为的指令。我们通常看起来像我们的父母，因为他们是我们DNA的来源。然而，DNA影响的不仅仅是我们的外表。一些基因（我们DNA的一部分）包含控制细胞何时生长和分裂的指令。这些基因的突变可能导致癌症的发生。
遗传性基因突变
一小部分卵巢癌发生在具有与卵巢癌风险增加相关的遗传突变的女性中。其中包括BRCA1和BRCA2基因的突变，以及与卵巢癌风险增加相关的其他家族癌症综合征相关的基因，例如PTEN（PTEN肿瘤错构瘤综合征）、STK11（黑斑息肉综合征）、MUTYH（MUTYH相关息肉病，以及许多可导致遗传性非息肉病结肠癌的基因（MLH1、MLH3、MSH2、MSH6、TGFBR2、PMS1和PMS2）。
基因测试可以检测与这些遗传综合征相关的突变。如果您有与这些综合征相关的癌症家族史，例如乳腺癌和卵巢癌、甲状腺癌和卵巢癌和/或结直肠癌和子宫内膜癌，您可能需要向您的医生咨询遗传咨询和检测。美国癌症协会建议在进行任何基因检测之前与合格的癌症遗传学专家讨论基因检测。
获得性基因改变
大多数与卵巢癌相关的突变不是遗传性的，而是在女性一生中发生的，称为获得性突变。在某些癌症中，导致癌症发展的这些类型的突变可能是由辐射或致癌化学物质引起的，但在卵巢癌中没有证据表明这一点。到目前为止，研究还无法将环境或饮食中的任何单一化学物质与导致卵巢癌的突变明确联系起来。大多数获得性突变的原因仍然未知。
大多数卵巢癌都有多种获得性突变。研究表明，识别卵巢癌获得性突变（例如TP53肿瘤抑制基因或HER2癌基因）的测试可以帮助预测女性的预后。这些测试的作用仍不确定，需要更多的研究。