在使用艾曲波帕的过程中，最常见的副作用是：贫血、恶心、发热、丙谷转氨酶和丙草转氨酶升高、咳嗽、疲劳、头痛和腹泻；除此之外艾曲波帕可能可能会导致一些严重的不良反应：不建议骨髓增生异常综合征（MDS）的患者服用艾曲波帕，因为艾曲波帕有一定几率会将病情恶化为急性髓性白血病（AML），也称为血癌，如果真的恶化为血癌，则会增加死亡风险。
在慢性丙型肝炎患者中，使用艾曲波帕联合干扰素和利巴韦林可能会增加肝硬化的风险；艾曲波帕可能导致药物性肝损伤，因此建议患者每周进行一次验血检查肝功能情况。如果患者在使用艾曲波帕过程中发生如下任何肝脏问题的体征和症状：如皮肤或眼白发黄（黄疸）、尿液异常变黑、异常疲倦、右上腹部疼痛、胃部肿胀（腹部），请立即就医检查！患有慢性肝病的人可能在胃区（腹部）有血栓的风险，如果胃部（腹部）疼痛、恶心、呕吐或腹泻，请立即就医检查。在美国，FDA把这项不良反应以黑框的形式直接印刷在包装盒上以示警告，足以说明其重要性。
患者在停用艾曲波帕后可能再次发生血小板减少症和出血风险，特别是如果在患者服用抗凝剂或抗血小板药物时停用艾曲波帕，因此在使用艾曲波帕治疗期间，应避免使用可能增加出血风险的药物。
过量使用艾曲波帕可能导致血小板计数过度增加并导致血栓及血栓栓塞并发症的风险。如果有腿部血栓的迹象和症状，如腿部肿胀、疼痛或压痛，请立即就医检查。
由于艾曲波帕可能会导致白内障或白内障恶化（眼睛中的晶状体混浊），因此在使用艾曲波帕前进行基础眼部检查并在治疗期间监测白内障的体征和症状及任何视力变化。
总结：服用艾曲波帕之前要做好完整的身体检查，请主治医生确定服药剂量；服用艾曲波帕期间还要定期对血液和肝脏进行检查，随时调整计量，如有强烈的副作用反应，请立即就医检查。